Enfrente de la Capilla Mayor se encuentra el coro, situado, desde el siglo XIV, entre los cuatro pilares de la nave central. El cardenal Mendoza ordena la construcción de una nueva sillería con motivo de la visita efectuada por los Reyes Católicos en 1491.

La sillería se labra en madera de nogal, destacando en ella la silla episcopal con el escudo del prelado, debida a uno de los mejores tallistas del siglo XV, el maestro Rodrigo Alemán. El resto de la sillería, de estilo gótico florido, presenta tallados los escudos del Cardenal Mendoza, el de la Santa Cruz (su título cardenalicio) y el de los Figueroa (pertenecientes a la familia de su madre). En el año 1524 el coro se remata con una balaustrada plateresca, donada por don Fadrique de Portugal.La entrada al recinto está cerrada por una reja renacentista, forjada en 1641.

El trascoro, parte posterior del coro, está situado a la entrada de la Catedral. Estaba ocupado en el siglo XVII por tres altares, hasta que el obispo Andrés Bravo de Salamanca decide levantar en este lugar un gran retablo barroco a Nuestra Señora de la Mayor, patrona de Sigüenza. El altar es encargado a Juan de Lobera. El frontal del altar es de plata del siglo XVII y en una hornacina central está la imagen de la Virgen, obra románica del siglo XII.

Este retablo se ha configurado como uno de los principales núcleos de interés de la Catedral y en él se celebran las funciones religiosas dedicadas a la patrona en el mes de agosto. En ellas la Cofradía de la Virgen de la Mayor realiza una solemne procesión por las calles de Sigüenza con el acompañamiento de un rosario de faroles, adquirido en 1928.