En el segundo tercio del siglo XVI se modifica definitivamente la planta de la Catedral de Sigüenza al ser construida una nueva nave circular, llamada girola o deambulatorio. Se construyó entre 1659 y 1606, siguiendo el ejemplo de la Catedral de Toledo, siendo sus arquitectos “los cinco Juanes”, Juan Vélez, del Pozo, Buega, de Ballesteros y de Loyde, quien la concluyó.

De esta forma la nueva nave del templo iba a unir las estancias y capillas de la nave del crucero, sirviendo de entrada para las sacristías de los Mercenarios (llamada así por ser el lugar “donde los sacerdotes que en ella celebraban recibían en el acto el estipendio de las misas”) y de las Cabezas, para la capilla del Santísimo Cristo de la Misericordia y para el sepulcro de don Bernardo de Agen, dejando reducidas a dos las cinco capillas absidales proyectadas en la lejana época medieval.

Durante el siglo XVII la nave se adorna con cinco altares, situados en las cinco bóvedas poligonales, dedicados a San Ildefonso y San Felipe Neri en 1565, a Nuestra Señora del Rosario en 1639, a San Roque en 1662 y por último a San Pedro Arbués en 1667.